Nanoverse Online fait le pari de l'originalité en plongeant le joueur dans le monde de l'infiniment petit, façon « micro cosmos », dans un jeu reposant sur des Nanobots évoluant dans un univers respectant fidèlement les lois de la physique.
Nanoverse Online adopte un parti pris original : celui de plonger le joueur dans le monde de l'infiniment petit, façon « micro cosmos », dans un univers persistant et unique (gérant DirectX 10)... avec ses effets climatiques, mais aussi des champs magnétiques, des zones anti gravitationnelles ou de vortex. La pression atmosphérique influencera le monde, tout comme une simple averse pouvant avoir des effets désastreux sur les Nanobots.
Le jeu s'articule autour de Nanobots, des « structures complexes de minuscules modules connectés les uns aux autres et interagissant avec un monde fidèlement soumis aux lois de la physique ». Le jeu souhaite manifestement laisser une grande liberté d'action aux joueurs. Les Nanobots se veulent flexibles et librement personnalisables grâce à différents modules à combiner et gérant chacun des fonctions différentes : gestion de l'énergie, propulsion, outils offensifs et défensifs, stockage, etc. On pourra voir des véhicules d'attaques, des forteresses volantes de défense, des Nanobots très rapides et agiles ou au contraire plus lourds. Et chacun devra jouer son rôle selon les circonstances.
Nanoverse Online revendique un soin tout particulier apporté au gameplay et entend « faire en sorte que les MMO redeviennent amusant ». Les Nanobots gèrent leur propre économie via l'artisanat, érigent leur cité, s'organisent en clans et coopèrent en PvE ou s'affrontent dans un gameplay free PvP.
Les affrontements visent notamment à assurer la protection des "structures" (bases, plantes produisant de l'énergie, usines biologiques, etc.) ou prendre le contrôle des ressources rares...
Nanoverse Online devait être distribué totalement gratuitement en Free to Play et jouable sans abonnement, s'appuyant sur un financement via la commercialisation de « contenus avancés et rares ».
Fin 2008, on apprend néanmoins que le développement de Nanoverse est gelé, le développement allemand Duplex Systems ayant décidé de se consacrer pleinement à la relance de son autre MMO, Face of Mankind.