Après son départ de Square
Soft, Hiroide Suguira fonde avec l'appui de l'éditeur
Namco le studio de développement
Monolith Software. Plusieurs membres du studio ont été impliqué dans le développement de Chrono Cross et Xenogears. Les premières productions du développeur seront dans la lignée de ce dernier, toujours dans le jeu de rôle, avec la série Xenosaga. Le premier opus sort en 2002 sur Playstation 2 sous le nom de Xenosaga Episode I: Der Wille zur Macht. La suite sort en 2004, Xenosaga Episode II: Jenseits von Gut und Böse avant de se terminer en 2006 avec Xenosaga Episode III: Also sprach Zarathustra, toujours sur Playstation 2. Tous les titres font référence au philosophe allemand Friedrich Nietzsche. Xenosaga connaîtra également une version mobile en 2004 et une nouvelle sortie des deux premiers épisodes sur
Nintendo DS en 2006.
Monolith Software signe en collaboration avec tri-Crescendo la série de jeu de rôle Baiten Kaitos sur GameCube. Baten Kaitos: Les ailes éternelles et l'océan perdu (titre français) sort au Japon en 2003, pour arriver deux ans plus tard en Europe. La suite Baten Kaitos Origins, sortie en 2006 au Japon, n'arrivera jamais en France.
En 2007, Nintendo rachète à
Namco Bandai 80% (sur les 96%) de ses parts dans la société
Monolith Software, avant d'en acquérir la totalité en 2011.
Monolith Soflware devient une filiale de Nintendo. Le studio installe la même année une succursale à Kyoto pour se rapprocher de Nintendo.
Disaster: Day of Crisis, sorti sur Wii en 2008, est un jeu à part pour le studio. Il s'agit en effet d'un jeu d'action avec un
gameplay varié où le joueur doit survivre à une série de catastrophes naturelles. Avec Dragon Ball Z: Attack of the Saiyans, le développeur revient au jeu de rôle sur Nintendo DS en 2009. L'année suivante, il signe sur Wii l'
action-RPG Xenoblade Chronicles. Le jeu est plébiscité par la critique et considéré comme l'un des meilleurs
RPG sur console de sa génération. Le développeur bascule ensuite sur la console Wii U avec le projet X, un jeu de rôle dans la lignée de Xenoblade.