The Centennial Case: A Shijima Story est présenté comme une aventure mêlant récits, mystères et immersion mis en scène avec de vrais acteurs sur fond d’enquête autour du thème de la vie éternelle. Le joueur a vocation à élucider un mystère vieux d'un siècle à l'aide de ses pouvoirs de déduction afin de dévoiler la vérité. Il faudra réunir des indices, émettre des hypothèses et démêler les mystères grâce à la logique.
La famille Shijima a connu de nombreux décès inexplicables au cours des cent dernières années. Lorsque Haruka Kagami, une écrivaine de polars, rend visite aux Shijima, elle décide d'enquêter sur quatre affaires de meurtre survenues à différentes époques. Le camélia rouge et le fruit de Jouvence, qui n'attirent que la mort. Et une vérité dissimulée qui n'attend que d'être dévoilée...