Parallèlement à The Agency (le MMO sur PC et PS3), The Agency Covert Ops se veut une déclinaison sur Facebook du MMO d'espion. Le joueur incarne un agent secret et tente de remplir missions et mini jeux, seul ou en groupe sur le fameux réseau social.
Parallèlement à The Agency, son MMO d'espionnage prévu sur PC et PlayStation 3, Sony Online Entertainment décline la licence et lance The Agency Covert Ops, une application ludique et multijoueur pour Facebook se déroulant également dans l'univers de l'espionnage. Le joueur incarne un agent secret (aux ordres d'un gouvernement ou d'une organisation criminelle) et parcourt le monde pour remplir moult missions secrètes
Dans The Agency Covert Ops, le joueur crée son avatar et le personnalise (peu dans un premier temps, un peu plus au fil du jeu après avoir accumulé des Station Points, les points de la plateforme de microtransactions de Sony), et peut tenter de remplir ses premières missions.
Certaines prennent la forme de simple mini jeux (des jeux de réflexion permettant de cracker un code, de débloquer une serrure, de poser une bombe, etc.). D'autres sont plus complexes, scénarisées et nécessitent parfois la collaboration de plusieurs joueurs pour être menées à bien. Et chacun devra alors exploiter au mieux ses compétences et son équipement d'agent secret (le développeur promet moult gadgets composant la parfaite apnoplie de l'agent secret).
Au fil de sa progression, le joueur pourra créer son propre quartier général et le personnaliser à l'aide d'objets, avant d'y inviter ses amis de Facebook.