Phantom Brave est un RPG tactique dans lequel Marona -une mystérieuse petite fille capable de parler avec les âmes des défunts- peut combiner ses amis fantômes aux objets présents tout autour d'elle pour l'aider à gagner ses combats.
Bienvenue dans Ivoire, un monde composé d'une infinité de petites îles perdues au milieu de l'immensité de la mer, où débutent les aventures de Marona. Accompagnée par son ami, le fantôme Ash, elle sillonne les océans d'Ivoire, assistant les gens dans le besoin.
Mais quand une flotte de vaisseaux fantômes les attaquent et les séparent, c'est Marona et sa nouvelle amie Abricot qui doivent rassembler l'équipage légendaire qui à déjà vaincu ces vaisseaux fantômes par le passé.
C'est dans cet univers où s'affrontent des marins sans pitié et des bateaux fantômes que commence l'histoire de cette fillette, étrangement proche de l'âme de tous les fantômes qu'elle croise sur sa route...