Dans Nine Parchments, le joueur incarne un jeune magicien débutant qui apprend à maîtriser ses pouvoirs dans une école de sorciers. Bien que les écoliers ne soient pas prêts à devenir de grands maîtres, ils doivent tout de même partir à l’aventure suite à un incident au laboratoire du professeur. Cet événement provoque des complications lorsque neuf parchemins disparaissent dans la nature. Au joueur de les retrouver et de la rapporter en sécurité.