2029, deux ans après les événements de Deus Ex: Human Revolution, nous retrouvons Adam Jensen qui doit maintenant faire face aux conséquences de ses choix.
Le monde est maintenant dirigé par des organisations secrètes, semant parmi la population peur, amertume et violence dans le but de contrôler l'humanité et décider de son sort...
Mêlant FPS, RPG et infiltration, dans Deus Ex: Mankind Divided le joueur incarne Adam Jensen qui, au sein de la Task Force 29 doit retrouver Talos Rucker, chef de la Coalition pour les Droits des Augmentés.
Bien que n'encourageant pas officiellement la violence, ce groupe est reconnu par la Task Force 29 comme terroriste et responsable de nombreux actes de violence.