2027. 25 ans avant les événements survenus dans Deus Ex. Adam Jensen, agent de sécurité chez Sarif Industries est mortellement blessé suite à une attaque terroriste et forcé de subir une intervention chirurgicale remplaçant de nombreuses parties de son corps par des prothèses avancées.
Jensen se retrouve malgré lui embarqué dans le conflit politique concernant les améliorations humaines et part à la recherche des terroristes responsables de son accident.
25 ans avant les événements survenus dans Deus Ex, la cybernétique et le transhumanisme émergent.
Les capacités humaines peuvent être grandement améliorées et un conflit politique éclate entre les partisans de la robotique et les conservateurs de la race humaine.
Adam Jensen, chef de la sécurité chez Sarif Industries, est mortellement blessé à la suite d'une attaque terroriste contre le siège de la multinationale. Alors que les membres d'une équipe de chercheurs sont tués sur le coup, dont la femme de Jensen, ce dernier subit une intervention chirurgicale remplaçant de nombreuses parties de son corps par des prothèses avancées.
Déterminé à venger la mort de sa compagne, Jensen part à la recherche des terroristes responsables de sa mort. Alors qu'il exploite brillamment ses nouvelles capacités, le qualifiant ainsi de « super-soldat», Adam semble perdu. Est-il toujours humain ?
Un second jeu, appelé Deus Ex: Human Revolution Director's Cut est sorti en octobre 2013. Ce jeu comprend le jeu initial ainsi que les contenus téléchargeables, ajoutant près de 6h de jeu.