2052. JC Denton est l'un des premiers humains à avoir le corps rempli de nanorobots, lui conférant des capacités augmentées.
Denton travaille au sein d'une agence antiterroriste sous la direction de l'ONU. En réalisant ses missions, ce dernier apprend que la question du terrorisme est bien plus complexe qu'il n'y parait.
Le début du XXIè siècle voit de nombreux groupes terroristes se développer dans le monde entier. Pour contrer ceux-ci, l'ONU met en place l'UNATCO, dont JC Denton fait parti.
Dans la seconde moitié du XXIè siècle, la population est décimée par un virus appelé « peste grise ». Le vaccin, bien que connu et efficace n'est distribué qu'en très faibles quantités et uniquement aux « indispensables » de la société : politiciens, militaires, scientifiques, intellectuels et milliardaires.
Le joueur incarne donc JC Denton qui, après avoir contré une attaque terroriste contre le quartier général de l'UNATCO, commence à se poser des questions sur ce que l'ONU ne dévoile pas et dont semblent avoir connaissance les groupes terroristes...
La liste ci-après répertorie les sociétés liées à Deus Ex.
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