Dans la peau d'Edward Kenway, capitaine impétueux et entraîné par les assassins, le joueur est invité à vivre l'âge d'or de la piraterie à l'aube du XVIIIe siècle dans les Antilles.
Si l'on avait entrevu les Antilles dans Assassin's Creed 3 par le biais de quelques missions navales, c'est cette fois toute l'aventure qui se déroule sur la mer des Caraïbes, aussi belle que dangereuse. L'histoire commence en 1715 avec l'âge d'or de la piraterie, les grandes figures comme Barbe Noire sont à l'oeuvre et il faudra s'imposer dans ce monde sans foi ni loi. De plus, le conflit ancestral entre les Assassins et les Templiers va une nouvelle fois ressurgir.
L'action de cet épisode se déroule à la fois sur terre et sur mer, avec une grande importance donnée à la gestion de son navire et de son équipage. Les phases terrestres ne sont pas négligées avec une cinquantaine de zone à explorer et une carte encore plus dense que les épisodes précédents.